在一般纳税人的进项税额中，运费抵扣的进项税额占有一定的比例。我们在实际检查工作中，也常常会发现利用非法扩大运费抵扣进行偷税的案例。由于运输发票制造、领用、填开、使用、保管等不同于增值税专用发票，为此，不能忽视运费抵扣的检查，在检查中应把对一般纳税人运费抵扣项目的检查作为防止偷税的一道重要关口。
检查一般纳税人运费抵扣可从以下几方面入手：
首先：检查运输发票的合法性，审核企业是否将非运输单位开具的发票、运输免税货物或非应税项目货物的发票，以及不属于抵扣范围的其他种类的运输发票进行了抵扣。如有此类情况，进项税额不得抵扣，要追补增值税。
其次：检查发票内容的真实性、合理性。即检查企业取得的货运发票，其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运输金额、运输里程等项目的填写是否齐全，并与购货发票所列的有关项目进行核对，看是否相符，如果存在问题，进项税额不应抵扣;如果以上内容符合要求，再根据填写内容，将运费金额与运输货物的数量、价值、运输距离相比较看是否符合市场行情，如存在问题，进一步查清实际情况，判断进项税额能否抵扣。
第三：检查运输发票的抵扣时间。检查企业是否在运输发票注明的时间里购进了货物，购进的货物是否已经验收入库，货物的付款情况及运费的支付情况是否正常，如有异常，必须进行进一步的调查核实，核实正常后其运费的进项税额方能抵扣。
