在日本，性教育从幼儿时期便开始有条不紊的进行。日本幼儿的性教育是伴随着清洁身体开始的。在日本的托儿所，孩子从1岁半开始就进行使用便器的训练，学习正确使用厕所的方法。而保育员会给幼儿讲解清洁身体的内容，包括手纸的使用方法、擦屁股的方法、内衣的清洁等。此外，保育员还常提醒父母要为孩子勤换内衣，特别是男孩子，因为不干净的内衣有可能诱发他们将来的性功能障碍。

托儿所的保育员会拿出生理画册，向孩子们解释他们最大的疑问：我是从哪来的？回答完孩子们的问题后，老师会预先与孩子的父母联系，询问名字的由来，还会借来孩子自出生以来的照片在班上展览，并请孩子的母亲写信谈谈孩子出生时的情况，在班里当众朗读，让孩子懂得生命的来之不易、懂得诞生与成长的艰辛和喜悦。

日本的孩子们在幼儿园上第一节游泳课的时候，老师们都它作为对孩子进行性教育的好机会：让孩子自我认知性别角色，明白自己是男的还是女的，并初步了解男女的区别，树立起自我保护意识。

日本文部科学省出版的小学第一册《卫生》教科书封面就有女性和男性的身体和性器官图。

小学每年有1-2个小时的特别讲座，内容是男女之间身体的区别、月经和怀孕的原理等。而初中每年也有特别讲座，呼吁学生不要进行危险的性行为，学生还可以学到避孕和性病知识。而高中的体育保健课和家庭生活课里也有性教育的课程，内容涉及避孕、流产、性病、艾滋和伦理道德方面。

与中国的情况不同，日本人由于从小就开始接触各种系统、正规的性教育，以至其到了大学时，对性的神秘感与好奇心早已荡然无存，可以有足够的时间参加自己喜欢的大学学部活动，或者腾出更多的时间用在学习上。