南京分析仪器厂有限公司的前身——南京分析仪器厂，始建于1956年，是国内较早从事分析仪器研制和生产的专业厂、国家高新技术企业，企业先后承担了国家重点科技攻关项目和国家火炬开发项目。如：国家科委“七五”重点科技攻关项目（过程分析仪器取样预处理开发研究），1990年通过机电部验收鉴定，并获国家重大科技成果奖；“八五”国家火炬开发项目（CX-6800工业气相色谱仪开发研究），获机电部科技进步二等奖。
2005年3月企业经过改制，成立了南京分析仪器厂有限公司。新厂区位于江苏省高新技术开发区——南京雨花经济技术开发区内，占地108亩，建筑面积53400平方米。本公司是专业从事在线分析技术研究、开发、生产的高科技实体，公司内设有从事新产品开发的研发中心；有控制产品质量和传递国家计量标准的质量检测中心；有以数控镗铣、数控车削、数控冲压等设备为主的精密加工中心。公司被江苏省和南京市授予高新技术企业。公司浓缩了南京分析仪器厂的精华，拥有一支长期从事在线成份分析仪器、过程分析预处理装置研究开发具有丰富经验的高中级技术人员组成的专业技术队伍，其中两人享受国家特殊津贴、一人被南京市命名为市跨世纪学科带头人。在成套在线分析控制装置的开发、研究及现场应用方面，通过科技攻关，重点突破了过程分析仪器在高温、高粉尘、高湿度、高腐蚀等恶劣工况条件下的取样预处理方面的关键技术，达到国内外同样分析系统的先进水平，推动了企业成套项目的发展，十几年内向用户提供各类成套分析系统1000多套，经用户使用，取得了良好的应用效果。
公司拥有完整的质量管理保证体系，已通过ISO9001、ISO14001体系认证。
公司拥有完整的计量管理体系，为计量合格确认单位。
公司拥有完整的服务体系，可为用户提供全方位的售前、售中、售后服务。
公司与德国西门子公司结为技术合作伙伴，经授权，负责西门子分析仪器销售及技术服务工作。