电商模式的出现，衍生了第三方支付这一互联网金融业态，彼时，商业银行、银联、监管层都将第三方支付机构视为填补银行网络支付空白的“小兄弟”，但仅仅数年光景，小苗便成长为参天大树，扩张规模令传统金融机构咋舌。继通过网络快捷支付绕过银联之后，第三方支付的线下移动支付更对银联线下市场形成冲击。甚至当国内清算市场放开之后，大家最关心的不是VISA、万事达等国际卡组织的进入，而是第三方支付机构领头羊支付宝是否会申请成为清算机构。第三方支付机构对银联的威胁可见一斑。
与银联积怨由来已久
“支付机构当中前20家占90%多市场份额，这20家机构千方百计绕过银联进行转接清算，银联交易量分流明显。”中国银联总裁时文朝的一句话曾道出了银联的尴尬与无奈。第三方支付与银联之间这场旷日持久的积怨因何而来?这要从快捷支付的出现说起。
作为国内惟一一家清算机构，银联超然的地位长期以来一直难以撼动。银联的主要收入来源就是通道费，也就是线下收单业务“721”分成中“1”的组成部分，其余“7”是发卡行，“2”是收单机构。虽然银联只占这其中的10%，但利润也是相当可观。
在第三方支付兴起之初，无论是用户直接在网上消费还是充值之后再付款，银行网银都是绕不开的通道。但2010年快捷支付这一产品的诞生，让银联与第三方支付的关系出现逆转。
作为第三方支付的龙头，支付宝的快捷支付与银行直连，不用跳转到网上银行就可完成交易，提高了成功率和便捷性。而“用户使用快捷支付如果遭遇资金损失，支付宝将全额给予赔付”的承诺，令快捷支付的规模迅速扩张。到了2011年5月31日，支付宝快捷支付的签约合作银行就达到了108家，同年7月，支付宝快捷支付的用户数已经突破2000万，快捷支付交易笔数占支付宝整体交易的比重已经提升到36%。2012年11月，支付宝快捷支付用户数突破1亿……
但由于不使用银联通道，快捷支付的盛行令银联颇为不满。银联方面曾多次要求商业银行将第三方支付机构的银联卡交易全面迁移到银联网络，甚至不惜背负上“垄断”的质疑。
2013年8月，支付宝与银联的矛盾公开化。“由于某些众所周知的原因，支付宝将停止所有线下POS业务。”这样一份声明，将矛头引向银联。市场纷纷猜测这是支付宝不满银联提出的“非金融机构线下收单业务必须通过银联通道”的规定。而现实情况却是：支付宝线下POS战略不算成功，运营一年多来，线下POS业务在支付宝整体业务中占比非常小，支付宝只是抛弃了一个鸡肋业务。
虽然放弃了线下POS业务，但支付宝已凭借扫码支付重归线下市场，2014年12月12日，支付宝即联合2万多家商户发起了用支付宝钱包支付即享受半价活动，宣告正式重返线下市场。随后，对商户进行费率返还的优惠政策，吸引了各大商超、餐饮等商户的加入，支付宝全面杀回银联的腹地——线下收单领域。（网贷）
欲做第二个银联
传统银行卡刷卡支付市场正在被第三方支付等新兴势力蚕食。根据比达咨询发布的《2015年上半年中国移动[-5.78%]支付研究报告》显示，2015年上半年，中国第三方移动支付市场规模达40261.1亿元，环比增速24.8%，预计下半年增速将进一步加快。餐饮、商超作为生活服务业的重点领域，更是成为第三方支付企业线下争夺的焦点。
更令人担忧的显然是快捷支付对清算机构功能的替代。目前我国实行的是央行主导下的“支付结算-清算”支付体系，即由银行、支付机构对商户和消费进行结算，再由银行之间就跨行交易产生的债权债务进行清算。目前，国内由银联来履行清算职责。而随着支付机构的快速发展，一些支付机构则可以通过划拨在各银行开设账户的资金，实现内部清算。
一位分析人士曾这样介绍第三方支付对银联的取代功能：比如张某在A银行开有A账户，李某在B银行开有B账户，假定张某欠李某1000元，要进行偿还，在原有的银行清结算体系中，张某向李某进行跨行转账，由于银行体系采用的是强实名认证，这时这笔资金流向信息银行可以全部掌握。而假如张某和李某的银行卡都绑定了某支付机构的快捷支付，支付机构也在A银行和B银行开设有备付金账户，那么只需支付机构将张某在A账户的资金划至自己在A银行的备付金账户，然后再将自己在B银行备付金账户的1000元划转至李某在B银行的账户即可。如此一来，本应该通过跨行转账进行的还款行为，就被支付机构两笔同行转账替代了。就用户体验而言，整个还款过程可以在支付机构内完成，清算环节得以绕开，第三方支付成为了变相的清算机构，这就是为什么很多用户觉得第三方支付的交易体验更好。（网贷动态）
东方证券银行业首席分析师王剑认为，由于支付宝这样的“多银行开户者”的出现，央行清算就无法垄断了，这就是过顶传球，也就是支付机构的“银联化”。
央行近期发布的《非银行支付机构网络支付业务管理办法(征求意见稿)》(以下简称《意见稿》)则是让第三方支付回归通道本身。“《意见稿》体现了监管意志：支付就是支付，支付机构不能‘银行化’、‘银联化’。”王剑表示，“央行坚持认为，其打造的支付结算-清算体系秩序是不可动摇的。《意见稿》出台，歪门邪道被堵，支付机构将回归‘互联网+’、‘大数据金矿’的商业模式。”
野心背后的隐忧
对于第三方支付越位的举动，银联方面曾这样形容隐藏风险：银行绕开银联与第三方支付公司直连导致的诸多问题，不仅严重冲击了银行卡价格标准体系，而且使得非金融机构获得了局部范围内的联网通用能力，降低了银行在支付体系中的地位。
银行卡的风险防控也是银联考量的重要原因，银联方面曾对北京商报记者表示，部分第三方支付机构在开展银联卡业务过程中，在直接与商业银行建立连接的同时存在变造交易类型、套用MCC等违规情况，导致商业银行无法准确识别交易场景和客户真实交易行为，难以有效实施风险管控，容易掩盖伪卡欺诈、网络欺诈、洗钱套现等风险隐患。多头连接还导致持卡人账户信息安全受到威胁，一些第三方支付公司在开展银联卡业务过程中，存在私自留存持卡人姓名、身份证号、银行卡号、联系方式等敏感信息的情况。“如果使用了银联卡品牌但没有经过银联网络，出现了什么风险银联看不到，也很难进行风险防范。”银联一位内部人士称。
在分析人士看来，第三方支付行业与银行直连交易规模的扩大，容易导致网络欺诈、洗钱套现、难以有效实施风险管控等。商业银行只是每日对支付机构备付金账户进行核对，防止备付金被挪用，但很难有效监控其内部的资金走向，再加上支付账户是弱实名认证，这种不透明也容易滋生洗钱等风险。（P2P网贷理财哪家好）
中国社科院金融研究所与金融室副主任尹振涛认为，清算职能本应在央行体系下完成，第三方支付作为一个支付渠道，却起到结算的功能。央行已经不知道每一笔资金的流向，只知道最终的清算结果。除了游离于央行支付清算体系容易滋生的洗钱、恐怖融资风险外，支付机构通过内部的资金轧清，绕开央行支付清算体系的监控，还对央行统计基础货币量、有效开展货币政策调控带来了极大的挑战，更对维护支付体系安全、防范系统性风险带来负效应。