新疆医科大学第五附属医院
新疆医科大学第五附属医院（原乌鲁木齐铁路中心医院）成立于1937年，至今具有73年的辉煌历史。其前身为“镇江铁路医院”，1958年以“兰州基地医院”进疆后，更名为乌鲁木齐铁路局中心医院。2004年6月，随着铁路主辅分离改革，医院整建制移交新疆医科大学，成为新疆医科大学第五附属医院暨第五临床医学院。
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新疆医科大学第二附属医院
创建于1954年，经历了50多年风雨历程的新疆医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的省级综合医院，国家卫生部首批认定的“三级甲等”医院，自治区政府评定的“患者满意单位”和自治区级文明单位。
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新疆维吾尔自治区中医医院
新疆维吾尔自治区中医医院暨新疆医科大学附属中医医院、新疆中医药研究院及新疆中医名医名方研究开发中心，目前是中国西北地区规模最大的综合性三级甲等中医医院。
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新疆医科大学第一附属医院
新疆医科大学第一临床医学院暨第一附属医院（原名为新疆医学院附属医院），一九五六年建院。五十余年来经过几代创业者艰苦努力，现已形成一所集医疗、教学、科研为一体的大型综合性教学医院和高级医学人才的培养基地。
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