南通市中医院是三级甲等中医院、全国示范中医院、南京中医药大学附属医院和南通大学附属中医院。先后获得全国红旗单位、全国医药卫生先进集体、省文明医院、省、市文明单位、省抗非先进集体、“江苏省五一劳动奖状”获得单位、南通市服务经济建设最佳单位、市十佳医院、无红包医院等称号。