复旦大学附属金山医院
复旦大学附属金山医院是一所专业科室设置齐全、医疗设备先进，集医疗、教学、科研、预防为一体的三级综合性医院。1994年被评定为三级医院，自97年连续获上海市卫生系统文明单位称号，2002年--2003年又荣获上海市文明单位的光荣称号。
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上海市公共卫生临床中心(复旦大学附属公共卫生临床中心)
上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心（简称“中心”）是复旦大学附属三级甲等医院；是全国传染病医师进修教育培训基地、中国疾病预防控制中心艾滋病临床进修教育基地、上海市疾病控制中心临床基地；复旦大学传染病国家教育部重点学科组成部分，复旦大学妇产科学国家教育部重点学科组成部分，上海市传染病重点学科建设单位之一；国家级药物临床试验机构资格认定单位；上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市产科肝病监护中心、上海市艾滋病诊疗中心、国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室（临床基地）建设单位和上海市传染科临床质量控制中心之挂靠单位。
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复旦大学附属上海市第五人民医院
复旦大学附属上海市第五人民医院成立于1904年，前身为英国人建造的“西人隔离医院”，院址旧称靶子路41号（现武进路85号）。1945年，改名为“上海市市立第五医院”。新中国成立后，命名为“上海市立第五人民医院”，我国一代名医张涤生、李宝实、张锡泽、彭友珍、陶滦、应元岳、马永江等均曾在医院工作过。
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复旦大学附属华山医院宝山分院
复旦大学附属华山医院宝山分院位于宝山区长江西路1999号，是宝山区政府投资1.4亿元新建的二级综合性医院。2006年10月，区委、区政府从医院的长远发展出发，方便于民，造福于民，决定将仁和医院委托给复旦大学附属华山医院全面管理。本着“创新和探索”的精神，经上海市卫生局批准，医院正式冠名为复旦大学附属华山医院宝山分院。医院托管后仍属于全民事业单位，继续享受上海市医保定点单位待遇。
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复旦大学附属眼耳鼻喉科医院(上海市五官科医院)
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院成立于1952年7月1日，是由中国红十字会第一医院及中山医院的眼科和耳鼻喉科合并而成的，是上海医学院的一所专科性的教学医院。1985年改名为上海医科大学附属眼耳鼻喉科医院。1999年上海医科大学与复旦大学合并后，医院更名为复旦大学附属眼耳鼻喉科医院。
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复旦大学附属儿科医院
复旦大学附属儿科医院创建于1952年，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并而成。首任院长为儿科学一级教授陈翠贞。建院初期，以西门妇孺医院分院旧址为院址，1954年枫林路183号新医院启用。2000年4月原上海医科大学与复旦大学合并，更名为复旦大学附属儿科医院。医院设施优良，人才云集，是集医教研为一体的综合性儿童专科医院，系卫生部部属“三级甲等”医院。是全国儿科学重点学科、国家"211工程"建设单位。是最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科学组）博士后流动站。
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