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新疆维吾尔自治区教育厅作为自治区人民政府组成部门，主管全区教育工作。新中国成立后的1950年，新疆省成立教育厅；1970年9月改教育厅为教育局；1982年改教育局为教育厅；1986年改教育厅为教育委员会，2000年8月改教育委员会为教育厅。