南京医科大学附属眼科医院
南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的融医疗、教学、科研于一体、与国际接轨的高精尖眼科专科非营利性医院，是江苏省公费医疗、南京市公费医疗及江苏省、南京市城镇职工和居民医保定点眼科专科医院，为江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，南京医科大学硕士生培养基地，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室。
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南京解放军454医院妇产科
中国人民解放军第454医院创建于1951年，为综合性三级甲等医院，设有重症监护、血液透析、肿瘤无创治疗、体外碎石、创伤急救、航空医学6个临床医疗中心。是南京市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构，南京市急救站分站，南京市劳动能力鉴定检查定点医院，南京市“三信三优”单位。是第四军医大学、东南大学、江苏大学、安徽医科大学等十所大学的教学实习医院。医院率先导入国际先进的质量管理体系并通过ISO9001-2000国际认证。
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中国医学科学院皮肤病研究所
中国医学科学院皮肤病研究所1954年创建于北京，直属中央卫生部领导。1970年从北京迁至江苏泰州，1984年迁南京现址，并建立皮肤病医院。1986年设立全国性病防治研究中心，2005年调整为中国疾病预防控制中心性病控制中心、中国疾病预防控制中心麻风病控制中心。
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中国人民解放军第八一医院妇产科
南京八一医院是一家部队三甲医院，南京八一医院妇科是很有名的南京妇科医院。南京八一妇产科医院妇产科是该院集医、教、研三位一体的重点科室。南京八一妇产科医院妇产科在卵巢囊肿、子宫肌瘤、无痛分娩、妇科炎症、计生手术、优生优育、四维彩超等多项技术处于业内领先水平。南京八一妇产科医院妇产科还引进奥洛克4大系统，为女性健康排忧解难。
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南京医科大学附属脑科医院
南京脑科医院，又名南京医科大学附属脑科医院，始建于1947年，前身为卫生部南京精神病防治院，是我国第一所国立神经精神病专科医院，被誉为“中国神经精神科医师的摇篮”。医院历经60几个春秋，由建院初期的60张床位，近百名员工，逐步发展到现在拥有近千张床位，千余名员工，云集一大批全国及省内知名专家，集神经、精神疾病医疗、康复、预防、教学和科研为一体的三级甲等专科医院。现为江苏省精神卫生指导中心，是江苏省唯一一所三级甲等神经精神病专科医院。
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南京医科大学第二附属医院妇产科
南京医科大学第二附属医院妇产科拥有较强的临床、科研、教学实力，拥有一支医德高尚、医术精湛、力量雄厚、临床经验丰富的人才队伍。妇产科是南京医科大学硕士学位点，参与临床医学院、儿科医学院、康达医学院、成人教育学院、护理学院的教学工作。每年有多名省内外的进修医生在我科接受培训。
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南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院（又名南京医科大学第二临床医学院、江苏省第二红十字医院、南京医科大学附属儿童医院）是江苏省卫生厅直属三级甲等综合性医院和南京医科大学临床教学基地；是卫生部消化内镜诊疗培训基地和卫生部全科医师培训基地。
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