沈阳市疾病预防控制中心
沈阳市疾病预防控制中心是在原沈阳市卫生防疫站基础上组建的。沈阳市卫生防疫站成立于1952年，是全国最早建立的市级卫生防疫站机构之一，1998年成为全国省会市级一等站。2002年1月经机构重组，沈阳市疾病预防控制中心成立。
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武汉市疾病预防控制中心
武汉市疾病预防控制中心是负责武汉地区疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导的公益性事业单位。
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中国疾病预防控制中心精神卫生中心
2002年6月7日，卫生部批准中国疾病预防控制中心下设精神卫生中心，设在北京大学精神卫生研究所。2002年10月30日，中国疾病预防控制中心精神卫生中心在北京大学精神卫生研究所正式挂牌。
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中国疾病预防控制中心性病控制中心
1994年卫生部在中国医学科学院皮肤病研究所调整成立了全国性病麻风病控制中心，麻风病研究室作为该中心的一个科室，在卫生部、医科院和所院（中心）的领导下，承担全国麻风病防治研究工作技术指导和防治效果评价，健康教育，业务指导和培训，疫情统计，监测和麻风专家咨询委员会日常工作等。1998年5月所院进行了机构调整，原性病和麻风病研究室撤消，下设中心办公室、疫情监测室、防治室、康复室、健康教育室和中心实验室。
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中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所
中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所，前身为中央卫生研究院华东分院，1950年建于南京，1956年定名为中国医学科学院寄生虫病研究所，1957年与中国医学科学院海南疟疾研究站合并，迁址上海，1983年划归中国预防医学科学院领导。2002年1月23日更名组建为中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所。
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西安市疾病预防控制中心
根据卫生部《关于卫生监督体制改革实施意见》的统一要求，经西安市政府、市编委批准，西安市疾病预防控制中心是在西安市卫生防疫站、西安市地方病防治所、西安市结核病防治所、西安市性病监测中心的基础上组建，于2002年9月30日正式挂牌成立，当年11月4日正式运行。
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中国疾病预防控制中心传染病预防控制所
传染病预防控制所（以下简称传染病所）是中国疾病预防控制中心领导下的国家级传染病预防控制专业机构，是全国传染病预防控制业务技术指导中心。
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中国疾病预防控制中心妇幼保健中心
中国疾病预防控制中心妇幼保健中心（以下简称妇幼保健中心）是中国疾病预防控制中心领导下的国家级妇幼保健专业机构，是全国性妇幼保健业务技术指导中心。妇幼保健中心以贯彻实施《母婴保健法》、《中国儿童发展纲要》和《中国妇女发展纲要》为核心，坚持"以保健为中心，以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主"的妇幼卫生工作方针。
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