医院始建于1953年，2003年7月菏泽市委、市政府为加强我市传染病救治工作，有效抗击烈性传染病，切实保障人民的身体健康，决定在原结核病医院的基础上组建成立菏泽市传染病医院。
菏泽市第二人民医院（菏泽市创伤医院）是一所大型综合性医院，是经政府批准的全市唯一警医共建的市创伤医院，同时还是菏泽医专教学医院、菏泽市城镇职工基本医疗保险定点医院、菏泽市工伤保险协议单位,是经省政府批准的菏泽市法医鉴定唯一复核医院，菏泽市新型农村合作医疗定点医院、菏泽市城市医疗救助定点医院。多次获得“山东省卫生系统先进单位”、“菏泽市双文明单位”、“菏泽市行业作风建设先进单位”等荣誉称号。
菏泽市第三人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防于一体，以治疗精神、神经疾病和创伤为主的大专科（脑科）小综合型现代化医院，是全市唯一的精神卫生防治中心、心脑血管病康复中心、戒酒戒毒中心，市、区城镇职工、城镇居民基本医疗保险、市工伤保险、生育保险和县、区新型农村合作医疗定点医院。
鄄城县人民医院始建于1949年，是一所集医疗、教学、科研、急救、社区服务为一体的二级综合性医院。
菏泽市中医医院始建于1975年，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复、急救于一体的全民所有制三级甲等综合性中医医院；是山东中医药大学、菏泽医专、曲阜中医药学校、莱阳中医药学校、菏泽卫校的教学医院。
山东省单县中心医院始建于1944年，地处苏鲁豫皖四省八县交界处。是一所集医疗、教学、科研、预防、保健于一体的综合性三级乙等医院，是济宁医学院非直属附属医院、山东大学齐鲁医院技术协作医院。
成武县人民医院始建于1949年10月，历经50多年的发展，现已成为一所技术精良、设备齐全、集医疗、教学、科研、急救、康复于一体的综合性医院。
巨野县中医院是一所集医疗、预防、教学、科研、急救于一体的二级甲等中医院。
山东省菏泽市立医院座落在著名的国花牡丹之乡——菏泽，始建于1946年，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、急救和技术指导于一体的大型三级综合性现代化医院，是山东大学医学院的研究生培养基地、菏泽医学专科学校的附属医院，担负着菏泽市八县一区九百五十万人民及邻近省、市部分群众的医疗保健任务。医院现为淮海经济区十佳医院、卫生部国际紧急救援中心定点医院、国家级爱婴医院。
山东省鲁南眼科医院暨山东医专附属眼科医院是由山东省卫生厅、批准并注册的一所装备齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研于一体的大型现代化眼科专科医院。
